Ocupa una de las construcciones que se erigen en el Centro Histórico Urbano de la ciudad. La edficación actual se construyó en 1921 sobre los restos de un antiguo cuartel militar utilizado por los españoles en tiempos coloniales y que había sido destruido tras la quema de la ciudad ordenada por los independentistas en 1897. Constituye el edificio de estilo ecléctico más significativo de la ciudad.
El museo tiene carácter general y cuenta con siete salas de exposición permanente y una transitoria, que muestran la Historia, las Ciencias Naturales y la cultura de la comunidad.